Etter flere mislykkede forsøk på å stoppe treningen til Lloyd begynner Lord Garmadon å bli desperat. Kanskje en dinosaur, å skru tiden tilbake eller å endre fortiden er svaret? Selv kommandoen hans over Serpentinene begynner å svekkes. I mellomtiden kommer Lloyd, under oppsyn av de fire ninjaene, nærmere å oppnå sitt fulle potensial og bli klar til å konfrontere Mørkets Herre. Men andre krefter fra fortiden begynner å våkne i Ninjago og snart må ninjaene møte en fiende som lenge har vært glemt. En som er enda farligere enn Serpentinene og som kan endre Ninjago for alltid.